明太祖朱元璋创立卫所制，采取军屯的方式，解决了朝廷军队的粮饷支出问题。以至于朱八八很傲娇地宣称“吾养兵百万，不费百姓一粒米。”
但到了明朝中后期，随着军官豪绅侵占军屯，使得依靠军屯为生的士兵们失去了生活来源，卫所制逐渐走向了崩溃。
朝廷既没能力发军饷，军屯的田地又被兼并，士兵连饭都吃不饱，如何有力气有精神去上阵厮杀？而这也是明朝中后期卫所兵战力很垃圾的主要原因。
但形近崩溃，并不意味着就要推倒重来。
至少，朱由校认为现在的条件不允许。主要是没钱没地，安置不了那么多下岗的卫所兵。
现在苦是苦，可还能饿不死。你一下子全裁撤了，又没善后工作，不是逼着卫所兵造反嘛？
而且，朱由校也不准备就这么放过那些侵权田地的军官士绅官僚恶霸。
哦，侵吞就侵吞了，最后朝廷废除卫所制，田地就成你们家的啦？天底下哪有那么便宜的事情。
所以，朱由校要“清屯”，把清出来的田地分给卫所兵，安置好他们。省得有个什么民乱，连卫所兵也跟着造反。
当然，军屯私有化已经积弊太深，涉及到方方面面的利益，可谓盘根错节，牵一发而动全身。
特别是负责“清屯”的官员，等于是跟地方官宦、士绅地主为敌，这帮地头蛇联合起来的势力，相当强大。
正因为意识到“清屯”的艰巨，朱由校才把左光斗、方震孺等大倔种，不久还有杨涟都派到地方去，干这费力不讨好的活儿。
“清屯”是有巨大的阻力，可收益也明显哪，可谓是解决现在财政不敷的一剂良方。
历史上的孙传庭，得到崇祯的授权（穷得没钱，只能给政策），高举“祖制”大旗，号称“地不容失一亩，粮不容失一粒”，按照卷册疯狂收取军屯土地。
结果呢，孙传庭仅清屯一项，三年共得折色四十五万多两，本色米麦豆五万石。并以此粮饷，练出了一支强悍的军队——“秦军”。
要知道，那可是在陕西，不是富庶的江南，田地出产有限，还有小冰河期的影响。
为此，孙传庭还美滋滋地上奏，把自己的宝贵经验无私传授给穷得发昏的崇祯帝，希望能推行各地。
效果很显著，可后果很严重。
孙传庭这么干，等于得罪了满朝的文武官员。在交章弹劾下，崇祯的多疑病又犯