就再也没有回朝。
直至明泰昌改元，光宗皇帝即位，封王三善为太常少卿，他才无奈又回到京城。
奉命平叛以来，王三善殚精竭虑，集兵积粮，终于在京营援军的力助下，三路猛攻，击败叛军十万，解了贵阳之围。
以少胜多，王三善颇有些志得意满，但令他感到不悦的则是京营官兵不肯听他号令。
准确地说，是不执行他要渡过陆广河，趁胜攻打叛军的命令。可对于防御叛军卷土重来，京营官兵倒是布置严密，无隙可乘。
等到朝廷任命朱燮元总督五省军事，王三善也接到平叛方略后。他才明白，京营是按照圣上旨意行事，非是胆小怯战。
稳健进取，不得冒进深入。无论是朱燮元的行文，还是朝廷的旨意，都再三强调了这一点。
王三善纵是有些意见，也不敢擅自行动。按下心中的不满，王三善还是把朝廷的布置不折不扣地执行下去。
经过两个多月的恢复，百姓基本上安定，官军也稳定了防线，对水西的封锁也日渐严密起来。
此时，王三善和原贵阳巡抚李枟，刚刚视察完城外新建成的火药兵器厂，骑马返回城内。
李枟是个有才干的官员，在贵阳保卫战中脱颖而出，以不足三千兵，招募义勇，抵挡住安邦彥叛军数月围攻，足见其勇略。
本来历尽艰辛，卸任在即，应该是如释重负，一身轻松的李枟，却是闷闷不乐，心情沉郁的样子。
王三善是知道些端倪的，无它，朝臣的攻讦。
在安邦彥反叛之前，李枟就看出这家伙居心叵测，而贵阳的城防和存粮更令他忧虑。
为了防患于未然，他多次上疏朝廷，请求增加兵员、军饷。
然而，朝廷正急于征辽，无暇它顾，对李枟的请求置之不理。就在此时，李枟又被朝臣攻击，于是六次上疏，乞求退休。
朝廷议以王三善出任贵州巡抚，责令李枟在新任巡抚未到任前继续任职。然后是安邦彥反叛，贵阳被围，李枟也承担起了保卫贵阳的重任。
数月围城，险情迭出。李枟团结士绅，招募义勇，与巡抚御史史永安等官员殚精竭虑，终保贵阳不失。
在最危急的时候，李枟甚至作好了杀身成仁的准备，即“焚书籍冠服，预戒家人，急则自尽，皆授以刀环”。
按理说，这样的贡献，这样的功劳，朝廷肯定会予以嘉奖。王三善接任后，和李枟都